Nejlepší 10 Zábavné Fakta pro DNA elektroforéza


Original: http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/tips/funDNAgel.html

Shanta Dube
Technické služby
Life Technologies, Inc
Rockville, Maryland 20849

Věděli jste, že:

  • Při přípravě agarosy pro elektroforézu, je nejlepší posypeme agarózy do pokojové teploty zásobníku, krouživým pohybem a necháme alespoň 1 min před mikrovln. To umožňuje, aby agarózovém hydrát jako první, což minimalizuje pěnění během ohřevu.
  • Elektroforéza vyrovnávací paměti může mít vliv na rozlišení DNA. TAE (Tris-acetát-EDTA), vyrovnávací paměti poskytuje lepší rozlišení fragmentů> 4 KB, zatímco TBE (Tris-Borate-EDTA), vyrovnávací paměti poskytuje lepší rozlišení 0,1 až 3-kb fragmenty. Kromě toho můžete TBE pufru při electrophoresing> 150 V a používejte TAE pufr s DNA superhelikální pro dosažení nejlepších výsledků.

 

  • Migrace DNA je retardovaný a kapela zkreslení může nastat, když příliš mnoho vyrovnávací paměti pokrývá gel. Pomalejší migrace je výsledkem snížené napětí gradientu gelu .

 

  • Zatížení DNA v nejmenším možném objemu bude mít za následek ostřejší pásmech.
  • Můžete zachovat DNA v gelu agarózových pro dlouhodobé skladování pomocí 70% etanolu. [Viz Jacobs, D. a Neilan, B.A. (1995) BioTechniques 19, 892].

 

  • Electrophoresing gel příliš “horký” může způsobit denaturaci DNA v gelu. To může také způsobit agarózovém gelu k deformaci. Ochladí se na gel s malým ventilátorem při elektroforéze.

 

  • Pro vysoce sbalené DNA ladder elektroforézou na Pokud jsou glycerol obsahující zatížení nárazníky použít vzorky DNA elektroforéza přes akrylamidu gely, usmíval pásma může být akcentována zejména v KE.

 

  • Na polyakrylamidovém gelu, fragmenty DNA s AT-bohaté oblasti migrují pomaleji než jiné fragmenty DNA o stejné velikosti. Tento neobvyklý migrace se zvyšuje při nižších teplotách a mizí při vysokých teplotách. Tato neobvyklá migrace není pozorován gely agarózových. [Viz Stellwagen, NC (1983) Biochemistry22, 6186.]

 

  • Minimální množství DNA, které je zjistitelné ethidium bromidu na 3 mm silné gelu a 5 mm široké Lane je 1 ng. Nepřekračujte 50 ng DNA na pásmo na 3 mm silné gelu a 5 mm široký pruh.